Les plaintes sont traitées par une cellule composée majoritairement de personnes extérieures à la Congrégation et présidée par un Magistrat. La cellule a deux fonctions. D’une part, recueillir les témoignages et les plaintes, et proposer aux personnes d’être entendues directement par deux membres de la cellule. D’autre part, conseiller le Prieur général sur les actions à entreprendre. C’est l’autorité concernée, étatique et/ou canonique, qui donne la suite qui convient en vue éventuellement d’un jugement et de la sanction appropriée.

Les frères reçoivent une formation initiale en matière d’affectivité et de sciences humaines. Ils suivent également une formation spécifique de prévention sur le thème des abus sexuels. Ils sont également formés à l’accompagnement spirituel.

L’ensemble de ces formations est donné par des intervenants extérieurs à la Congrégation.

Les frères plus anciens présents en prieurés apostoliques ont bénéficié de sessions de formations obligatoires et des règles et des exigences de formation pour l’accompagnement spirituel ont été imposées.

De nombreuses formations complémentaires à la formation initiale ont également été mises en place, notamment sur la vision et le leadership et l’accompagnement des frères. Elles ont donné lieu à différents Vademecum sur la gouvernance, la fonction de prieur et la formation de ces derniers par exemple.

Une distance claire a été prise par rapport à l’autorité du père M.-D. Philippe. La Règle de vie écrite par le père M.-D. Philippe n’est plus le texte de référence pour les frères qui font profession religieuse. Le Texte sur le charisme voté au Chapitre général 2022 définit la vie des Frères de Saint-Jean indépendamment du père M.-D. Philippe. La Charte de formation qu’il avait écrite a été remplacée par une Ratio formationis relue et corrigée par des experts extérieurs.

– Printemps 2024 : mise en place d’une cellule d’écoute indépendante à la disposition de tous les frères

– Juillet 2023 : Lettre ouverte aux personnes victimes notamment celles qui ne se sont pas manifestées – de frère François-Xavier Cazali

– Juin 2023 : Publication du rapport de la Commission interdisciplinaire demandée en 2019. Trois volets de compréhension : historique, théologique, psychologie et systémique.

– 23 décembre 2022 : Promulgation de la Ratio formationis en remplacement de la charte de formation du fondateur

Chapitre général
– Présence et intervention d’un médecin victimologue

– Vote d’un texte exposant le charisme de la Congrégation, en indépendance du fondateur

– Retrait de la Règle de Vie des constitutions

– Modification des constitutions : la voix active et passive est retirée aux frères mis en cause ou condamnés

– Publication du guide « Formation initiale et permanente à l’accompagnement spirituel »

– Publication du guide « Objectifs de notre formation à la chasteté »

– Publication du guide « Bonnes pratiques pour la direction spirituelle »

Rencontre avec les 140 frères présents en France
– Témoignages de personnes victimes

– Lecture de l’historique de l’Eau Vive, fondée par le p. Thomas Philippe

– Lecture de l’intervention de l’expert en psychologique et systémique au cours du Chapitre Général de novembre 2019

– Mise en place de rencontres similaires pour les différentes régions du monde

– Lettre du Prieur général sur L’accompagnement spirituel

– Présentation et nécessité de la supervision avec la Prieure générale des Sœurs Apostoliques de Saint-Jean et les prieurés de la région France Sud.

Novembre 2019 : deuxième session du Chapitre général
– Relecture historique (Affaire de l’Eau Vive)

– Accueil et écoute des témoignages de personnes victimes dont un frère abusé devenu abuseur

– Intervention d’un expert en psychologie et systémique pour une hypothèse de diagnostic

Déclaration du Chapitre général
– Sur la relation au fondateur : décentrement de sa personne, refus de prise en compte de sa personne pour l’actualisation du charisme de la communauté, refus de s’y référer pour la formation, discernement sur ses textes, y compris les textes fondateurs comme la règle de vie.

– Décision de décentralisation du gouvernement

– Création d’une commission interdisciplinaire pour faire la lumière sur les abus au sein de la communauté (plan historique, théologique et doctrinale)

Mai : première session du Chapitre général
– Rapport d’activité de la cellule SOS abus, rendu public immédiatement.

• Quantification des abus, de leur nature, justifications invoquées, conséquences pour les personnes victimes
• Constat des aspects systémiques des abus

Élection de frère François-Xavier comme Prieur général, précédemment secrétaire de la Cellule SOS Abus
Session sur Les maladies psychiques. Les troubles de la sexualité.
Session avec les Sœurs Apostoliques de Saint-Jean : Abus sexuels et leurs conséquences

– Rencontre avec le Conseil de la Prieure Générale des Sœurs Contemplatives de Saint-Jean pour un échange autour de l’importance de l’accompagnement des personnes blessées.

– Journées vicariales sur les blessures d’enfance

– Publication de la synthèse du Rapport doctrinal sur la chasteté, signée par les responsables des études des trois branches de la Famille Saint-Jean (frères, sœurs contemplatives, sœurs apostoliques)

• Attention portée sur « l’éthique de l’amour d’amitié (…) [qui a] pu servir à justifier des conduites inadmissibles »
• Mise en avant de neuf points d’attention

– Création de la Commission sur l’accompagnement des personnes et la communauté tout entière (devenue Commission sur la Formation à l’Accompagnement Spirituel et de l’Affectivité – COFASA en 2019)

– Juin : Lettre du Cardinal Braz de Aviz, préfet de la CIVCSVA (Congrégation pour les Instituts de Vie Consacrée et les Sociétés de Vie Apostolique)

• Plusieurs remarques sur le discernement des vocations, la formation au noviciat (place de la philosophie, manque de diversité des enseignants et des références intellectuelles), l’équilibre des études et la formation des formateurs, le nombre de départs…
• Réflexions sur la formation à la chasteté et l’enseignement de l’amour d’amitié, les abus, spécialement dans le cadre de l’accompagnement spirituel
• Remarques sur le P. Marie-Dominique Philippe et Sr Alix, première Prieure générale des Sœurs Contemplatives.
• Encouragements : « Que des jeunes puissent être appelés à la vie religieuse dans votre Famille est un bien pour eux et pour l’Église ».
• Validation de plusieurs intuitions fondatrices (patronage commun Vierge Marie-Saint Jean, place de l’étude…)
• Confirmation des réactions du gouvernement de la communauté et de la justesse des orientations récemment prises.

– Avril : Chapitre général en présence de Mgr Blondel, commissaire pontifical

• Rapport doctrinal sur la chasteté présenté par la Commission doctrinale créée en 2013

Intervention : « Abus sexuels et leurs conséquences »

– Mises en œuvre des autres résolutions votées en 2013

• Promulgation des procédures internes normatives pour les cas d’abus
• Institution d’une commission de trois frères pour le traitement des cas d’abus
• Présentation pour les jeunes prêtres de moins de 5 ans sur les blessures d’enfance
• Octobre 2015 : travail avec le CPG autour de l’homosexualité masculine en partant de textes.

– Mise en place de la cellule d’écoute à l’usage des frères

– Premières révélations des faits

Au cours du Chapitre général, frère Thomas Joachim, Prieur général, informe avoir eu connaissance d’abus sexuels commis par le P. Marie-Dominique Philippe, fondateur de la communauté. 
Le chapitre informe également d’abus commis par des frères de Saint-Jean.

Les membres du chapitre décident :

• La mise en place d’une commission doctrinale chargée de repérer d’éventuelles erreurs philosophiques ou théologiques pouvant se transmettre sur la chasteté dans la Congrégation ;
• La mise en place d’une cellule d’écoute et de procédures strictes pour accueillir les témoignages et mieux traiter les cas d’abus sexuels.