Bien que réunies dans une même famille spirituelle – La Famille Saint-Jean-, chaque communauté religieuse a son propre gouvernement, son histoire et son mode de vie. Elles sont notamment distinctes juridiquement et financièrement.

Les frères et les sœurs coopèrent dans certaines missions : camps de jeunes, paroisses, sessions des familles, etc. et portent ensemble certains grands événements comme un festival de jeunes ou un festival des familles. Bien qu’ils aient habituellement des offices distincts, les frères et les sœurs partagent le même bréviaire. Une fois par trimestre le Conseil de Famille réunit les trois prieurs généraux et les responsables des études.